Úzké území nad soutokem řek Vltavy a Otavy bylo osídlené od pradávna. Obranné možnosti skalnatého ostrohu s takřka kolmými stěnami a s přístupem po úzké šíji zřejmě ocenili i poslední Přemyslovci, kteří zde hrad založili. Jeho počátky však nejsou doloženy písemnými prameny.
Nejprůkazněji je historie postupného budování Zvíkova spjata s dobou vlády Václava I., kdy je roku 1234 poprvé uváděn zvíkovský purkrabí Konrád z Janovic. K založení hradu, který je znám pod jménem Klingenberg, zřejmě došlo nedlouho předtím, patrně ještě koncem vlády krále Přemysla Otakara I.
Nejstarší dochovanou stavbou hradního areálu je masivní čtverhranná věž z bosovaných kvádrů, které jí daly jméno – Hlízová. Tato náročná, v přízemí i patře klenutá věž, byla zamýšlena jako nárožní objekt, k němuž se z obou stran měla přimykat palácová křídla. Za vlády krále Václava I. bylo postaveno křídlo pod kaplí.
Dnešní půdorysnou podobu a výstavnost získal vnitřní, tzv. Královský palác, za vlády Přemysla Otakara II. Tehdy se stal pětibokým, lehce nepravidelným palácovým komplexem, ze všech stran obestavěným patrovými křídly s množstvím nádherných místností, poskytujících královskému dvoru patřičný komfort. K propojení jednotlivých obytných i reprezentačních místností sloužil monumentální klenutý arkádový ochoz. V severním a západním křídle byly obytné místnosti, východní křídlo vyplňoval velký reprezentační sál se šesti poli křížových kleneb. V patře jižního křídla vznikla jedna z nejkrásnějších prostor české rané gotiky –hradní kaple sv. Václava.
Královská stavební huť se podílela i na budování vnějšího opevnění. Jižní přístupovou stranu zpevnila mohutná útočištní věž – bergfrit, která byla na straně očekávaného útoku protažena v mohutný břit. Na rozdíl od většiny soudobých hradů byl Zvíkov hradem průchozím. Od jihu se do něj vcházelo čtverhrannou Píseckou branou, chráněnou ještě padacím mostem, od severu pak branou Železnou, tvořenou portálem v mohutné hradbě.
Ke konci přemyslovské vlády hrad spravoval Bavor III. ze Strakonic jako jediný purkrabí a dohlížel i na činnost královské stavební huti. Zavražděním krále Václava III. roku 1306 vymřel rod Přemyslovců po meči a hrad se dostal do zástavní držby Jindřicha z Rožmberka. Teprve roku 1337 vykoupil markrabí Karel Zvíkov ze zástavní držby a dal hrad důkladně opravit. Tehdy již měl hrad i hradbami opevněné podhradí s vlastním kostelem sv. Mikuláše.
Za husitských válek byl roku 1429 Zvíkov po čtyři měsíce obléhán husitskými vojsky. Ačkoli se průlom hradeb nepodařil, byly budovy střelbou značně poškozeny. Brzy poté směnil císař Zikmund Zvíkov s Oldřichem z Rožmberka za jiné rožmberské majetky a nový majitel dosadil na Zvíkov svého nejschopnějšího purkrabího Mikuláše Krchlebce. Poškození hradu si vyžádalo rozsáhlé opravy hradebního systému.
